De baai van San Francisco is in veel opzichten vergelijkbaar met het deltagebied Nederland. De omgevingen van de noordelijke en de zuidelijke baai, de San Pablo Bay, de Suisun Bay en de rivierdelta zijn dicht bevolkt en er is veel landbouw. Door de civilisatie komt de natuur aan alle kanten in de knel en de uitdagingen voor een schonere omgeving zijn groot.
Door de nauwe opening van de Golden Gate ligt de baai beschut, maar deze opening laat ook de getijden door van de Grote Oceaan. Veel pleziervaart boten zijn geschikt voor het varen op groot water. Maar er varen ook veel kleine bootjes in de op veel plaatsen ondiepe baai.
